古代にはケルト人がこの地に居住し独自の文化を形成した。その後、ゲルマン人が定住したが、6世紀までにはスラヴ人が定住し、これが現在のチェコ人の直接の祖先となる。
7世紀にフランク人サモの建設した王国がここを支配。つづいてアバール人が支配者となった。9世紀前半に漸く、スラヴ人は大モラヴィア王国を建設した。大モラヴィア王国はブルガリア帝国を通じて東ローマ帝国と交易を行い、ビザンティン文化を摂取した。
907年にマジャル人が侵入し、大モラヴィア王国が崩壊すると、王国の東部スロバキアはハンガリーの支配をうけることになった。西部のボヘミア、モラヴィア地方ではプシェミスル家が西スラブ人の王国を建設した（チェヒ国）。10世紀にはボヘミア王国が建国され、ヴァーツラフ1世が国王に即位した。その後オタカル1世の時にボヘミア王の称号と世襲が承認され、13世紀末には神聖ローマ帝国選帝侯の地位を獲得した。
10世紀後半からカトリックが普及し、11世紀にはドイツ人の植民が行われ、ドイツ化が進んだ。14世紀にプシェミスル家が断絶すると、ドイツ人のルクセンブルク家による支配が布かれた。ルクセンブルク王朝ではカレル1世が神聖ローマ皇帝に即位し、ボヘミア王国は全盛期を迎えた。首都プラハは中央ヨーロッパの学芸の中心となり、1348年にはプラハ大学が設立された。
15世紀にはヤン・フスがプラハ大学学長になると、イングランドのジョン・ウィクリフの影響を受け、教会改革を実施、教会の世俗権力を否定し、ドイツ人を追放したため、フスとプラハ市はカトリック教会から破門された。さらにコンスタンツ公会議でフスが「異端」と見なされ火あぶりにされると、ボヘミアでは大規模な反乱がおきた（フス戦争）。
その後、ハンガリー王国、ポーランド王国の支配を受け、16世紀前半にはハプスブルク家の支配を受けることになった。チェコ人は政治、宗教面で抑圧されたため、1618年のボヘミアの反乱をきっかけに三十年戦争が勃発した。
この戦争によってボヘミアのプロテスタント貴族は解体され、農民は農奴となり、完全な属領に転落した。
18世紀後半には啓蒙専制主義による、寛容な政策と農奴制廃止によって自由主義、民族主義の気運がチェコでも高まった。1848年にはパラツキーがプラハでスラヴ人会議を開催し、汎スラヴ主義が提唱された。1867年のアウスグライヒ（和協）によるオーストリア・ハンガリー帝国の成立はチェコ人を満足させるものではなく、チェコ人をロシア主導の汎スラヴ主義に接近させることになった。19世紀後半にはボヘミアでは産業革命による工業が著しく発展し、中央ヨーロッパ有数の工業地帯となった。
第一次世界大戦後オーストリア・ハンガリー帝国が崩壊し、民族自決の理念のもとチェコスロヴァキア共和国の独立が宣言され、初代大統領にはトマーシュ・マサリクが就任した。このときにボヘミア、モラヴィア、ハンガリーの一部であったスロバキアが領土となった。マサリク政権では西欧的民主主義が布かれ、外交面では反共・反ドイツの立場を取った。1935年からナチス・ドイツの圧迫が強まると、1938年にミュンヘン会談でズデーテン地方をドイツに割譲し、1939年にはボヘミアとモラヴィアは保護領としてドイツに編入され、スロバキアはドイツの保護国となって、チェコスロバキアは地図から姿を消した。
第二次世界大戦後にチェコスロバキア共和国は復活し、1948年のクーデターで共産主義政権が成立し「人民共和国」となった。1960年には「社会主義共和国」に改名した。しかしスターリン的抑圧に対する不満が爆発してノヴォトニー政権は倒された。ドプチェク政権が誕生し、「プラハの春」と呼ばれる自由化・民主化路線が布かれたが、これに対してソ連を含むワルシャワ条約機構5カ国の軍が介入、フサーク政権が樹立された。
1989年からの「ビロード革命」によって共産党体制は崩壊し、翌1990年には複数政党制による自由選挙が行われた。1992年6月の選挙では民主スロバキア同盟が勝利したため、チェコとスロヴァキアの分離は決定的となり、1993年1月にチェコスロバキアはチェコとスロバキアに分離（ビロード離婚）した。
2002年8月、記録的な豪雨によってヴルタヴァ川(モルダウ川)が氾濫し、プラハをはじめ多くの都市が被害にあった。
2004年5月1日には、欧州連合に加盟した。
チェコ 
正式名称は、Česká republika（チェコ語: チェスカー・レプブリカ）。通称は、Česko（チェスコ）、またはČechy（チェヒ）。公式の英語表記は、the Czech Republic（チェック・リパブリック）。チェコ外務省が1993年に提唱した通称に、ラテン語風のCzechia があるが、現在一般的に使われてるとは言い難い。